Вот нашел решение проблем с трофом Urban Legend, думаю данный метод с остальными трофеями тоже должен помочь.
И так:
1. Запускаем новую игру (не обязательно удалять сэйвы или переустанавливать игру).
2. Всегда пользуемся нормальными сохранением и загрузкой, т.е. не используем квиксэйв и квиклофд.
3. НИКОГДА не выходим в XMB находясь непосредственно в игре. Только после того как прошли миссию или произошел автосэйв, входим в меню и выбираем Quit To Main Menu, и только после того как окажетесь в главном меню игры можно выходить в XMB через PS Button, и переносить сэйвы на флэшку.
4. Если вы умерли, не используйте квилоад, а загружайтесь в ручную.
5. Никогда не продолжайте игру через resume game, всегда загружайте последний сэйв.